استاد آگاه اخلاق و تهذیب، هر از گاهی با تعریض و برنامه‌ای، تلنگری سنگین بر وجود شاگرد تازه‌وارد و ناز پرورده‌اش می‌زد و بُعدی از اخلاق و سجایایش را به صورتی اساسی، متحول بیان می‌کرد. اینها مطالبی است که خود میرزا جواد آقاملکی تبریزی به نقل و بیان آنها پرداخته است:

بعد از دو سال تلمذ خدمت آخوند همدانی، روزی به خدمت آخوند عرض کردم:

- من در سیر خود، به جایی نرسیدم! آخوند از اسم و رسمم پرسید. تعجب کرده و گفتم: مرا نمی‌شناسید؟! من جواد تبریزی ملکی هستم.

«شما با فلان ملکی‌ها بستگی دارید؟!»

من چون آنها را خوب و شایسته نمی‌دانستم از آنان انتقاد کردم! آخوند با شنیدن این سخن برآشفت و فرمود:

هر وقت توانستی کفش آنها را که بدشان می‌دانی پیش پایشان جفت کنی، من خود به سراغ تو خواهم آمد!

میرزا جواد فردا که به درس می‌رود، خود را حاضر می‌کند در محلی پایین‌تر از بقیه شاگردان بنشیند. رفته رفته طلبه‌هایی از آن فامیل را که در نجف بودند و او آنها را خوب نمی‌دانست، مورد محبت قرار داد تا جایی که کفششان را پیش پایشان جفت کرد. این خبر که در تبریز به آن طایفه می‌رسد، رفع کدورت فامیلی می‌شود. پس از آن آخوند همدانی او را ملاقات می‌کند:

دستور تازه‌ای نیست. باید حالت اصلاح شود، تا از همین دستورات شرعی بهره‌مند شوی. ضمنا کتاب «مفتاح الفلاح» شیخ بهایی برای عمل کردن خوب است.

* حکایات و کرامات

1- کنار حضرت صاحب(عج)

از سید جعفر شاهرودی نقل شده است: شبی در شاهرود خواب دیدم حضرت صاحب‌الامر (عج) با جماعتی در صحرایی هستند و گویا به نماز جماعت ایستاده‌اند. برای زیارت جمال حضرتش و نیز بوسیدن دست آن خورشید اعظم جلو رفتم. نزدیک که شدم بزرگواری را دیدم که متصل به حضرت صاحب ایستاده بود و آثار جمال، وقار، کرامت و بزرگی از سر و سیمایش هویدا بود.

پس از آنکه از خواب بیدار شدم، مرتب از خودم می‌پرسیدم آن شیخ که بود که آن اندازه به امام (ع) نزدیک بود؟ به فکر فرو رفتم. ولی نمی‌دانستم کیست! برای یافتنش به مشهد و تهران رفتم، وی نتوانستم پیدایش کنم. به همین منظور عازم قم شده و بر حسب تصادف جنابش را در یکی از حجره‌های مدرسه فیضیه یافتم که مشغول تدریس بود:

- این عالم کیست؟!

:حاج میرزا جواد آقای ملکی.

: خدمتش که مشرف شدم از من تفقد به عمل آورده و پرسید کی آمده‌ام؟ گویا مرا از قبل می‌شناخت و از قضیه نیز آگاه بود. پس از آن ملازمش شدم و او را چنان یافتم که دیده بودم؛ در کنار حضرت صاحب و متصل!

2- احسانی در خانه میرزا

زمانی که در تبریز اقامت داشت، عاشورای هر سال، در منزلش توسلی برگزار می‌شد و عده‌ای از اهل حال دعا و توسلی نموده و روضه می‌خواندند. و چون معمولا روزه بودند، افطار ساده‌ای از برنج بی‌خورشتی که در منزل آقا طبخ می‌شد را میل کرده و برمی‌گشتند. در روز عاشورای یکی از این سال‌ها رند بی‌ملاحظه‌ای که از ماجرای مستمر منزل میرزا جواد در این روز خبردار بود، در تمام نقاط شهر سر و صدا کرده و جار می‌زند: در خانه آقا احسان می‌دهند، بروید!

مردم که این سخن را می‌شنوند، جهت تیمن و تبرک هم که شده به خانه ایشان آمده و وارد اتاق‌ها و حیاط می‌شوند. حدود سیصد نفر- دست کم - آماده غذا خوردن می‌شوند! خادم به میرزا اطلاع می‌دهد که سیصد نفر مهمان آمده و ما فقط برای 10 نفر غذا تدارک کرده‌ایم، تکلیف چیست؟!

به محض شنیدن این خبر، بی‌آنکه تعجبی نشان دهد جواب می‌دهد:

«غصه ندارد! شما در کنار دیگ غذا باشید، من خودم می‌آیم».

نقل کرده‌اند سریع خود را به کنار دیگ رسانده، ریش‌های مبارکش را جمع و در حالیکه اشک از چشمانش جاری بود، با عصا چند ضربه آرام به ظرف غذا می‌زند و به خادم دستور می‌دهد:

« تو غذایت را بکش!»

تا دستور داد، ما شروع به غذا کشیدن کردیم و هر چقدر می‌کشیدیم، باز غذا بود و تمام نمی‌شد. بدین ترتیب آن روز از آن غذای 10 نفره دست کم سیصد نفر غذا خوردند.

* وفات خورشید

شخصی از شاگردان میرزا جوادآقا ملکی تبریزی نقل کرده است:

شبی، نزدیک سحر بین خواب و بیداری دیدم درهای آسمان، به رویم گشوده شد و حجاب‌ها چنان مرتفع شد که تا زیر «عرش الهی» را می‌دیدم. در این حال استادم حاج میرزا جواد آقا ملکی را دیدم که آنجا ایستاده و دست به قنوت، مشغول تضرع و مناجات بود! به صورتش نگریسته و از رفعت مقامش تعجب می‌کردم. در این حال صدایی به گوشم رسید. از خواب بیدار شده، دیدم کسی در منزل ما را می‌کوبد. در را که باز کردم دیدم یکی از ملازمین میرزا است. گفت که به منزل استاد بروم: چه خبر است؟!

گفت: خدا صبرت دهد، آقا از دنیا رفت.

تجسم معرفت و قر‌ة‌العین عارفین پس از انتقال تمام و کمال بذر «شکوفایی عرفان شیعی» به قم سرانجام در روز یازدهم ذی‌الحجه سال 1343 قمری چشم از جهان فرو بست و به خلد برین پرواز کرد.